主要有口服法、药浴法、涂沫法、注射法及手术治疗法。

　　1）口服法：将药剂混合于饲料中投喂的治疗方法，主要治疗营养失调及细菌性疾病与鱼体内部疾病。常用药品为营养素、磺胺类、抗生素等。首先将药剂溶于水，使之渗透到粒状饲料中或混合揉捏后投喂发病的锦鲤。

　　2）药浴法：主要是驱除鱼体体表寄生虫及治疗细菌性的外部疾病，也可利用鳃或皮肤组织的吸收作用治疗细菌性的内部疾病。短时长药浴时使用药物浓度高，常用药物为敌百虫、高锰酸钾等;长时长药浴则用食盐水、高锰酸钾、福尔马林、抗生素等。药剂计量必须精确，如浓度不够则不能有效地杀灭病菌，而浓度过高则易对鱼体造成毒害，甚至死亡。

　　3）涂抹法：以高浓度的药剂涂抹局部，主要治疗外伤及鱼体体表的疾病，常用药物为红药水、碘酒、高锰酸钾等。涂抹前必须先将鱼体患处清理干净后施药。

　　4）注射法：对各类细菌性疾病采用注射抗生素的治疗方法，常采取肌肉内注射或腹腔内注射，对鱼体吸收药物更为有效、直接。 需要注意的是：鱼体发病较重时，常同时采取多种治疗方法，如同时口服和药浴，或注射抗生素。

　　5）手术治疗：鱼鳍外伤或变形施以整形手术